CELB266 Биоинформатика
Анотация:
Курсът е предназначен за студенти, чиято бакалавърска подготовка не е в областта на информатиката и компютърните науки. Основната цел на курса е да запознае студентите с най-важните и основни понятия, методи и инструменти, използвани в Биоинформатиката. Също така курсът се фокусира върху употребата на основни уеб базирани инструменти в Биоинформатиката.
Темите в курса включват запознаване с най-често използваните бази от данни в областта на биоинформатиката, подравняване на последователности (ДНК, РНК, протеинови последователности), предсказване на третичната структура на протеин (нагъване на протеини), анализ на отделни ДНК и протеинови последователности.
Основна цел на курса е да помогне на студентите да навлязат бързо в Биоинформатиката. Също така курсът дава възможност за натрупване на опит в употребата на биоинформатични инструменти за решаване на проблеми, които могат да възникнат при изследвания, провеждани от студентите.
Преподавател(и):
доц. Методи Трайков д-р
Описание на курса:
Компетенции:
Успешно завършилите курса студенти:
1) знаят:
• Бази от данни в областта на биоинформатиката;
• Стандартни онлайн инструменти за обработка на ДНК, РНК и протеинови последователности;
• Анализ на отделни ДНК и протеинови последователности;
• BLAST.
2) могат:
• Да работят с уеб базирани инструменти за подравняване на последователности;
• Да извършват BLAST търсене;
• Да създават и анализират филогенетични дървета;
• Да работят с най-често използваните бази от данни в областта на биоинформатиката.
Предварителни изисквания:
Студентите да имат знания и/или умения:
- Работа с текстов редактор;
- Достъп до ресурси в Интернет;
- Обща компютърна грамотност;
- Биохимия;
- Геномика и протеомика;
- Молекулярна биология.
Форми на провеждане:
Редовен
Учебни форми:
Лекция
Език, на който се води курса:
Български
Теми, които се разглеждат в курса:
- Въведение в Биоинформатиката
- Интернет ресурси, фокусирани върху търсене на литература, молекулярни и медицински бази от данни
- Търсене в ДНК бази от данни с ДНК заявки
- Търсене в протеинови бази от данни с протеинови заявки
- Разширени теми в BLAST
- Подготовка за Контролна работа 1
- Контролна работа 1
- Анализ на протеини
- Подравняване на двойка секвенции
- Подравняване на множество секвенции
- Нагъване на протеини
- Изграждане на филогенетични дървета
- МикроРНК и анализ на път
- Подготовка за Контролна работа 2
- Контролна работа 2
Литература по темите:
1. Johnatan Pevsner (2009) Bioinformatics and Functional genomics. Willey-Blackwell Publ. Gr., USA.
2. Molecular Biology of the Cell, Bruce Alberts, Dennis Bray, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, and James D Watson.( 2008) Garland Science, USA.
3. Practical Bioinformatics. Michael Agostino, 2013, ISBN: 9780815344568.
4. Bioinformatics: A Practical Approach. Shui Qing Ye, 2007, ISBN: 9781584888109.
5. Bioinformatics and Functional Genomics, , 3rd Edition. Jonathan Pevsner, 2015, ISBN: 978-1-118-58178-0.
6. Ръководство по биоинформатика. Веселин Баев, Елена Апостолова, Евелина Даскалова, Георги Минков, 2013, ISBN:!978-954-423-835-3.
Средства за оценяване:
Две контролни работи, през 7-ма и 14- та седмица от семестъра + Самостоятелна разработка + 0.5 над оценката при > от 12 присъствия.
За освобождаване от изпит е необходимо да са направени двете контролни работи и представена самостоятелна разработка с оценка >= 3.