Магистърската програма по Микробиология предлага два модула: Микробиология на храните и Микробиология на човека.

Целта на програмата е да подготви квалифицирани микробиолози, които са теоретично и практически подготвени и са конкурентноспособни за реализация както в България, така и в чужбина.

Програмата е едногодишна и предоставя подготовка по ключови микробиологични дисциплини през първия семестър, а през втория – тясно специализирана подготовка в един от двата модула. През третия - дипломантски семестър студентите подготвят дипломна теза или полагат държавен изпит. Студентите избират един от двата модула след първия семестър.

Програмата е подходяща за както за студенти с вече придобита бакалавърска степен в областта на биологичните науки, така и за студенти, които се интересуват от микробиология, но са завършили бакалавърска степен в друга област. За студенти, които нямат придобита бакалавърска степен по биологични науки е предложен подготвителен семестър.